Hi all,
Is there a way to get longitude and latitude information related to each BOLD accesion? the function bold_seq gives back four entries; id, name, gene, and sequence but not lon and lat.
Thanks in advance!
bold coordinates question
sckott
#2
Thanks for your question about the bold package @nereal
Checkout the function bold_seqspec(), which gets sequence data and specimen data, e.g.,
res <- bold_seqspec(taxon = "Coelioxys")
tibble::as_tibble(res[, c("lat", "lon", "nucleotides")])
#> # A tibble: 315 x 3
#> lat lon nucleotides
#> <dbl> <dbl> <chr>
#> 1 47.4 16.3 ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AATAATGATATAATTTATAAC…
#> 2 52.9 -118. TATAATATATATAATTTTTGCAATATGATCAGGAATAATTGGATCTTCTATAAGTATAATTATTCGAATAGAATTAAGAATCCCAGGATCATGAATTAATAATGATCAAATTTATAACTCTTTTATTACAGCACATGCATTTTTAATAATTTTTTTTTTAGT…
#> 3 NA NA -------------------------------GGTATAATTGGATCATCTTTAAGAATAATTATTCGCATAGAATTAAGAATCCCGGGTTCTTGAATTAACAATGATCAAATTTATAATTCTTTTATTACAGCTCATGCCTTTTTAATAATTTTTTTCCTAGT…
#> 4 NA NA CATCCTATATATAATTTTTGCCATATGGTCAGGAATAATTGGATCTTCATTAAGAATAATTATTCGTATAGAATTAAGAATCCCAGGCTCTTGGATTAGTAATGACCAAATTTATAATTCTTTTATTACTGCTCATGCATTTTTAATAATTTTTTTTTTAGT…
#> 5 51.5 -0.967 ATAAAGATATTGGTATAATATATATAATTTTTGCTATATGATCAGGAATAATTGGATCTTCATTAAGAATAATTATTCGAATAGAATTAAGAATTCCAGGGTCTTGAATTAATAATGACCAAATTTATAATTCTTTCATTACAGCCCATGCATTTTTAATAA…
#> 6 NA NA ----------------------------------ATAATTGGATCTTCTTTAAGAATAATCATTCGAATAGAATTAAGAACTCCAGGATCTTGAATTAATAATGATCAAATCTATAACTCATTTATTACCGCCCATGCATTTCTAATAATTTTTTTTTTAGT…
#> 7 NA NA AATATTATATATAATTTTTGCTATATGATCTGGAATAATTGGATCTTCATTAAGAATAATTATTCGAATAGAATTAAGAATTCCAGGGTCATGAATTAATAATGATCAAATTTATAATTCTTTCATTACAGCTCATGCATTTTTAATAATTTTTTTTTTAGT…
#> 8 18.8 -96.9 -ATATTATATATAATTTTTGCTATATGATCTGGAATAATTGGATCTTCATTAAGAATAATTATTCGAATAGAATTAAGAATTCCAGGATCATGAATCAATAATGATCAAATTTATAATTCTTTTATTACAGCTCATGCATTTTTAATAATTTTTTTTTTAGT…
#> 9 NA NA ---------------------------------AATAATTGGATCATCAATTAGAATATTAATTCGAATAGAATTAAGAATTCCTGGAACATGAATTAATAATGATCAAATCTATAATTCATTTATTACCGCTCATGCATTTTTAATAATTTTTTTTTTAGT…
#> 10 52.2 13.5 AATAATATATATAATTTTTGCTATATGATCAGGAATAATTGGTTCTTCATTAAGAATAATTATTCGTATAGAATTAAGAATTCCTGGAGCTTGAATTAATAATGATCAAATTTATAATTCATTTATTACAGCTCACGCATTTATAATAATTTTTTTTTTAGT…
#> # … with 305 more rows
Does that get what you want?